Vervelend probleem. Ik denk niet dat je o een andere manier je iCal data kunt bewaren.
Het probleem is dat wanneer je op handmatige sync via iTunes over wilt stappen je je agenda's op de iPhone kwijtraakt.
Ik had ook een sync probleem, maar de oorzaak daarvan bleek in mijn adressen te liggen. Doordat er iets mis ging in het syncen van adresgroepen stopte de hele sync (ook iCal) en ik heb dat dus via het herstellen van de adressen kunnen oplossen.
Synct bij jou het adresboek wel goed?
En heb je trouwens op de website gekeken of je iCal data inderdaad niet op MobileMe staat of toevallig wel op MobileMe maar niet op je Mac?