ik gebruik iToner voor het zetten van ringtones op mijn iPhone.
Maar telkens als ik mijn iPhone heb aangesloten op mijn mac (in een ander gebruikersprofiel of als ik de feitelijke bestanden van de ringtones heb verplaatst op mijn hd) of op de pc op het werk, dan zijn de ringtones van de iphone verdwenen.

Hoe voorkom ik dit?

Heb je het al geprobeerd om de ringtones mbv iTunes te installeren cq te managen?

Inderdaad.
Probeer ze met iTunes te beheren.
Zet sowieso in voorkeuren/apparaten 'automatische synchronisatie voor iPhone en iPods aan' uit. als je op meerdere computers werkt. Je kunt je iPhone volgens mij maar met 1 computer syncen. (Weet niet of dit inmiddels is veranderd, werk met 1.1.4)
Hier staat een tutorial hoe je zelf ringtones kunt maken (maximaal 30sec) en hoe je ze in iTunes krijgt.
Zolang je dus handmatig synct, zullen je ringtones iig altijd op je iphone blijven staan.