In ~/Library/Safari/LastSession.plist (met Quickview te lezen) zie ik onderaan, na het blok Base64 data:
<key>WindowContentRect</key>
<string>{{37, 122}, {1183, 573}}</string>
en dat zou wel eens iets met positie en afmeting van het laatste Safari-window te maken kunnen hebben.
Een andere kandidaat voor nader onderzoek lijkt me /Library/SavedApplicationStatte/com.apple.Safari.savedState/windows.plist
Al 's een reset van Safari gedaan? Of bovengenoemde (en eventueel andere) plists van Safari weggeparkeerd?
Nog een hint: de Flix-test. Treedt het probleem ook op bij een andere (bij voorkeur een nieuwe) gebruiker?