@macsiem, jouw probleem zat mij ook al een tijdje dwars.
Ben maar eens wat gaan zoeken, maar op de diverse support pagina's komen geen oplossingen voor en de meeste geven aan (deels via ontwikkelaars) dat het een bug aan de cloud/Apple kant is.
Dit is wat ik getest heb voor een App, waar de map bleef bestaan. Deze app heb ik opnieuw geïnstalleerd, via instellingen iCloud uit, aan en weer uit gezet voor deze app (tussendoor zag je hem weer via Finder verschijnen en weer verdwijnen). Maar helaas, op iCloud beleef de map bestaan. Ook na het opnieuw verwijderen van de app.
Ook na het geheel uitschakelen, op alle apparaten van iCloud Drive, bleef de map op iCloud aanwezig.
Weer alles ingeschakeld, applicatie niet geïnstalleerd, maar wel in de map (via iCloud.com) een documentje in de map geplaatst. Meteen verscheen de map (met bijbehorend icoontje) ook in Finder. Deze map in Finder verwijderd, maar helaas op iCloud blijft de map
bestaan.
Kortom, bug report doen!!!
(Bewerkt door Feek om 15:40, 12-02-2015)