Als je je iPod ook op een pc wilt kunnen gebruiken, zul je hem moeten formatteren met de iPod updater, Windows versie (tenminste, zo werkt het bij de 'grotere' iPods). Je kunt op je werk die updater downloaden en uitvoeren.
Technisch gezien, is de iPod shuffle geformatteerd in FAT32, het formaat dat zowel door Mac als Windows kan worden gelezen en geschreven. pc's snappen geen Mac HFS systeem dus het is logisch dat je pc hem dan niet meer begrijpt. FAT32 wordt ook voor andere Windows iPods gebruikt.
HFS op een usb apparaat heb ik ook nog nooit gezien, ik kan me daarom voorstellen dat de iPod shuffle, in tegenstelling tot andere iPods, enkel met FAT32 gebruikt moet worden.