Het lijkt erop dat op de een of andere manier toch je andere externe harde schijf gebruikt is als bron voor de bestanden van een hoop nummers uit iTunes. Check dit even door een nummer wat dit probleem heeft, te selecteren en op Appel-I te drukken en naar de bron-plaats van het bestand te kijken.
Omdat je alles nog hebt moet het niet al te moeilijk zijn om ze weer netjes terug te krijgen. Je kunt bijvoorbeeld alles opnieuw importeren en daarna de dubbele weggooien (iTunes heeft hiervoor geloof ik een functie, en anders zijn er een hoop Applescripts te vinden om dit te doen).
Nu ik erover denk: zou het niet zo kunnen zijn dat OS X de ene schijf aanziet voor de andere? Als je op beide harddisks de muziek in een zelfde map hebt staan, zou het misschien zo kunnen zijn dat het afhangt van de volgorde van aansluiten welke schijf hij neemt? Als iTunes denkt dat je muziekje staat in de map 'externe harddisk 1 / muziek / bestand.mp3' , hoe weet hij dan welke schijf het is? Je zou dus kunnen proberen in dat geval de muziek niet in dezelfde map te bewaren op beide harddisks. Ik weet natuurlijk niet of dit zo is, het is zomaar een ideetje...