Het doorgeven van parameters vanuit Automator is inderdaad vrij simpel.
("Pass input: as arguments" kiezen bij Run Shell Script)

Compare folders met Automator

Compare folders met Automator
DIR_1E is de map waar de selectie van JPGs staat.
DIR_CR2 is de map waar alle RAWs staan.
DIR_FINAL is de map waar je de RAW foto's heen wilt verplaatsen.
EXT_JPG is de extensie van de JPG bestanden.
EXT_RAW is de extensie van de RAW bestanden.
Het "for" loopje vraagt alle JPG bestanden op in de DIR_1E map mbv 'ls'.
'tmp' is de naam van het JPG bestand met de naam van de jpgmap vervangen door de rawmap.
'raw' is de naam van het RAW bestand in de rawmap (extensie 'jpg' vervangen door 'cr2').
Tenslotte vindt de verplaatsactie plaats mbv 'mv' ("move") RAW bestand naar DIR_FINAL.
En dat voor alle JPG bestanden in de DIR_1E map.