Ik heb dit probleem ook al ervaren, maar dan met InDesign.
Illustratie in Illustrator gemaakt met lagen, slagschaduwen en overdruk-effecten.
Bij importeren in InDesign geen problemen, maar bij het afdrukken van het bestand het er NIET uit krijgen! Exporteren als PDF helpt niet; hij maakt er een mooie PDF van die op het scherm er goed uitziet. Bij het printen van deze bewuste PDF gaat er echter iets gruwelijk fout, niets klopt meer en alle effecten zijn ineens foetsie!
Ik ben toen (heel ouderwets) mijn document element voor element gaan afbreken, zodat ik er op een geven moment achter kwam dat het aan het Illustrator bestand lag. Hij trekt die effecten niet die in Illustrator zijn toegepast. (Het maakte overigens niets uit of ik het als .AI of .EPS opsla)
Wanneer ik de elementen losschroef en in InDesign deze effecten toepas; niets aan het handje!
Resultaat is dat ik dus niet zoveel gebruik meer maak van de effecten die in Illustrator al toepasbaar zijn. De ruwe bestanden verwerk ik in mijn InDesign of Photoshop bestand en pas daar de trucendoos op toe die ik wil. Heel leuk dat het in Illustrator zit, maar ik gebruik het maar even niet meer.