Ik ken het probleem, maar ik heb er helaas nooit een oplossing voor kunnen vinden.
Het heeft niks met InDesign of programma te maken, maar met het systeem zelf. Op het werk ook een Mac gehad die bij elke handeling (klikken) de bewerkingsdatum vernieuwde, terwijl de andere daar geen last van hadden. Had overigens geen invloed op het netwerk en/of servers. Ook externe gebruikers wijzigden de data niet. Alleen de lokale gebruiker.
Het is niet de grootste ramp, maar wel irritant.
Probeer het eens met een nieuw aangemaakte gebruiker (in osx)?