Ik heb een zelfde soort hardnekkig probleem met CS2 gehad, de oplossing bij mij was het opstarten van InDesign met de toetsencombinatie "Shift-CTRL-Alt-Command" ingedrukt.
Je krijgt dan de vraag of je de voorkeuren wilt resetten, ik weet niet of dit bij CS3 ook nog werkt, maar je kunt het proberen.