Dag Heiman,
je hebt waarschijnlijk transparantie gebruikt in je logo (misschien een dropshadow?)
Wanneer je dit als EPS bewaard wordt het bestand afgevlakt, oftewel de transparantie wordt er uit gehaald (PostScript dus ook EPS kent geen transparantie).
De beste manier om Illustrator bestanden in InDesign te importeren is als Illustrator bestand dus .ai.
Een van de voordelen van InDesign is dat je niet meer je bestanden extra als eps hoeft op te slaan, maar gewoon je Illustrator en Photoshop bestanden kunt plaatsen.
In jouw geval, je plaatst een Illustrator CS bestand in een oudere versie van InDesign zou ik hem exporteren als Illustrator 10. (de mogelijkheid om in oudere AI en EPS bestandsformaten te bewaren zit nu onder Export..
groeten,
Ton