PSD of EPS maakt niet uit. Beter nog, EPS is een beetje verouderd
en PSD heeft een betere weergave, en van wat ik begreep heeft
PSD sinds de CS-serie begon betere ondersteuning in Illustrator en
Indesign (o.a.) dan EPS.

Maar ik denk eerder dat het óf veroorzaakt wordt door de manier
waarop je de PMS'en hebt aangemaakt in Photoshop, óf de manier
waarop je de PDF maakt.
Kun je misschien uitleggen hoe je de PSD hebt opgebouwd (kanalen,
of andere manieren?), en hoe je de PDF maakt?
Mvg,
Joram