Denkelijk een probleem met het font. Misschien wordt het gebruikte font niet door RagTime gesubset in de pdf en valt Reader terug op een afwijkend font (zelfde naam, andere uitvoering -- bijv, je gebruikt Helvetica PostScript in je document en Reader neemt Helvetica dfont om de tekst weer te geven; er zit namelijk een hierarchie in keuzes die OS X doet) dat wel hetzelfde letterbeeld heeft, maar afwijkende metrics. Dat zou die 'gaten' kunnen verklaren.
Ik kan er helemaal naastzitten (geen ervaring met RagTime!), maar je zou eens kunnen testen met andere fonts in je RagTime-document (bijv. een niet-systeem-font)... zien of het probleem dan ook optreedt.
Succes!