Sommige browsers verversen de icoontjes niet elke keer. Volgens mij is Safari er daar ook een van. Misschien heeft het ook wel te maken met de vraag of de betreffende site wel of niet in je bookmarks staat: om in je bookmarks te staan, wordt het icoon van de betreffende site op je harddisk opgeslagen.
Hoe dan ook, je kunt de bestaande iconen die Safari heeft onthouden, weggooien door de map 'icons' weg te gooien. Die is te vinden in '~/library/caches/safari/' (vergeef me als ik het verkeerd zeg, ik zit momenteel niet op een copmuter met Safari). Als je de opgeslagen icons weggooit, zal Safari ze opnieuw downloaden als je de site bezoekt.