Hier ben ik ook tegenaan gelopen.
Is het een geconverteerd XPress-bestand?
Het gebeurde bij mij als ik een Xpress 4.1 document opende in Indesign.
De PMS-kleur kon ik niet verwijderen omdat het prullenmandje in het stalenvenster van ID grijs bleef.
Volgens mij kon het liggen aan de benaming van de kleuren of aan illustraties.
Ik heb het zojuist even getest.
In het Xpress document zat een steunkleur (in dit geval 376 CV). Bij openen in Indesign wilde die kleur er dus niet uit.
In Xpress heb ik de kleur hernoemd, m.a.w. 376 CV werd 376 C (zoals ID zijn pantonekleuren noemt)
Vervolgens bestand bewaard en in ID 2 geopend.
Nu kon ik de kleur wel verwijderen.
Een tweede test wees echter uit dat het niet helemaal aan die kleurnaam lag.
Er zat een duotoon-eps in het Xpressbestand.
Nadat ik die illustratie had verwijderd, kon ik bestand openen in ID en ook de kleur weggooien, zonder iets aan de kleurnaam te hebben veranderd.
Wat nou precies de oorzaak is kan ik je ook niet zeggen, in ieder geval zijn hier wat mogelijkheden waarmee je het probleem op zou kunnen lossen.