Normaliter zou je dat moeten kunnen standardiseren, maar dat is niet zo.
Als je de adobe illustrator startup files open doet en daar iets verandert, zoals bijvoorbeeld Lock guides zou Illustrator deze nieuwe settings moeten bewaren en als standaard gebruiken. Maar euh de Lock guides neemt hij toch niet over, is een bug.
Het enige wat je kan doen is een basistemplate creëren en in die template de Lock guides uitzetten en in het vervolg bij het maken van een nieuw dokument deze template gebruiken als start "New from template"
De startup files (CMYK en RGB) zitten in je illustratormap onder presets.
Ik vind trouwens dat hele idee van preferences en ook nog eens die startup geen goed idee, zou het liever hebben zoals in InDesign of Photoshop. Alles instellen zoals je het wil hebben zonder dat er een dokument open is en dat dit word weggeschreven in de pref file, veeel handiger.