HO ! De juiste oplossing is voorhanden, alleen niet erg duidelijk:
InDesign ondersteunt de Lagen van PhotoShop, je kan ze dan met
het commando Object - Opties objectlaag terugvinden en wisselen
qua zichtbaarheid (en ze verschijnen dus niet in het Lagen-palet).
Lagen in Illustrator komen echter níet in dat commando terecht.
Maar er is nog een andere mogelijkheid die wel goed werkt:
bewaar je Illustrator bestand niet als een .ai maar als een .pdf
(bij het Bewaar-commando) en kies bij de optie Compatibiliteit
voor Acrobat 1.6 (die versie ondersteunt Acrobat-lagen) en vink
dan (bij Algemeen bijna onderaan) de optie Acrobat-lagen aan.
Trek je niks aan van dat "bovenste lagen" want dat betekent de
lagen die dus het hoogst in de hiërarchie liggen (dus niet ieder
los pad of object, of geneste lagen). Dan verschijnen de lagen
in InDesign bij dat commando Object - Opties objectlaag !
Wil je deze geplaatste PDF's ook snel vanuit InDesign bewerken,
dan moet je natuurlijk (net zoals bij psd, tiff, eps, etc.) bij Info
(in de Finder) instellen dat je pdf's met Illustrator wil openen.
Misschien niet echt handig, maar als je per se wil...
Een heel gedoe, hè ? Maar het werkt prima 
Net zoals Adobe meer dan 10 jaar erover heeft moeten nadenken
om het fenomeen Paden echt simpel cross-application te integreren,
zo is het Lagen-fenomeen het volgende waar we op moeten wachten
eer het 'simpel' werkt. Straks, in CS 8 of zo krijgen we dat dan wel.