Om te zorgen dat de gereedschappen en paletten precies werken zoals je zelf wil, bij elke opstart van Indesign, moet je de bestanden InDesgin Defaults en InDesign SavedData deactiveren(door ze een ander naam te geven). Deze bestanden bepalen hoe de paletten en opdrachtinstellingen in het scherm verschijnen wanner je het programma opstart. Als je dit programma afsluit worden de laatste instellingen opgeslagen in deze bestanden. Je kan best aan de originele bestanden 'backup' toevoegen. Als je terug vanaf "nul" wil beginnen kan je altijd deze bestanden herstellen door de laatste kopieën van deze bestanden te verwijderen en de bestanden met de gewijzigde naam weer hun oude naam terug te geven (zonder backup dus). Je vind dit meestal in Mac OSXUsers:Home: Library:Preferences:Adobe InDesign CS Settings: Adobe Indesign CS Prefs. Ook voor Photoshop en Illustrator belangrijk.