In de PhotoShop Help zit een uitstekende tutorial voor het maken van gif-animaties.
In het kort: je plaatst elk beeld van de animatie in een aparte laag en exporteert het geheel als gif-animatie.
Die aparte lagen kun je in Illustrator al aanmaken en (als je het op de goede manier importeert) PhotoShop neemt dat dan ook zo over.
(De online-help van de Adobeprogs is echt prima...)