Ja, dat kan.
Ga naar Instellingen > Safari (eindje naar beneden) > Geavanceerd (helemaal onderaan) en dan Website Data.
Bovenaan daar vind je een zoekveldje, als je de cookie die je wilt verwijderen gevonden hebt even met je vinger naar links erover vegen en voor "Verwijder" kiezen.
Je kan ook met Safari actief Siri activeren en dan alleen "Instellingen" zeggen, dan zouden de instellingen voor Safari meteen moeten openen (die laatste heb ik van een tip hier, maar die kan ik zo snel niet terugvinden).