Volgens mij zitten alle Bookmarks in ~/Library/Safari/Bookmarks.plist
Als het puur om een backup gaat, dan kun je dit bestand terugzetten uit een timemachine-backup of van usb-stick. Let dan wel op dat je eerst Safari sluit en dan pas iets met dit bestand doet. Anders raken dingen in de war.
Maar ik weet niet hoe handig je met plists bent? (tip: installeer xcode, daar zit een plist-editor bij)
Disclaimer: Ik syncrhoniseer geen bookmarks met iCloud. Dat maakt het mogelijk nog wat ingewikkelder...