@wickedme: hartelijk dank voor het proberen (en de confirmatie) en voor het aanmelden van dit geval als bug.
Ik heb het zelf gisteren gemeld via de Apple feedback pagina. Ik wist toen nog niet of het aan mij lag of dat het een Yosemite en Al Capitan bug is.
Behalve het verschijnen van de muis cursor, is er nog een verschil tussen de twee. Bij Yosemite wordt er een SecurityAgent.crash log aangemaakt in /Library/Logs/DiagnosticReports/, bij El Capitan niet. In Yosemite geeft EtreCheck aan dat er een crash geweest is, in El Capitan niet (interessant).
De >console issue is eerder aangekaard, maar blijkbaar is er nooit wat mee gedaan:
http://apple.stackexchange.com/questions/135987/typing-console-in-username-box-nothing-shows-up-until-cancelled?lq=1
http://apple.stackexchange.com/questions/119027/login-directly-to-terminal-instead-of-gui
Het treft ook maar een zeer kleine groep van Mac gebruikers en het wordt sporadisch gebruikt. Zoals blijkt kan je heel goed zonder 
Maar een SecurityAgent crash? Het lijkt mij dat je (Apple dus) zoiets niet on-onderzocht voorbij kan laten gaan. We gaan het hopelijk zien.
(Bewerkt door rt om 1:26, 22-02-2016)