Kan het zijn dat je voor je account ook schijf-quota's ingesteld hebt?
OS X heeft daar niet echt een user interface voor (behalve in de Server-versie), maar het werkt wel gewoon.
Dan heb je dus wel een verschil tussen beschikbare en vrije ruimte, oftewel: Niet alle vrije schijfruimte is door jou te gebruiken.
Type eens in Terminal het commando "quota" in en vertel ons wat je dan ziet.
Schijfcontrole heb je ook al wel uitgevoerd?