Momenteel werk ik met de nieuwste versie van Safari (10.1.1)
In de loop der jaren een arsenaal aan bladwijzers opgebouwd en in  diverse mappen ondergebracht.

Wat zwaar tegenvalt is het telkens alfabetisch ordenen van bladwijzers!
Als ik met SafariSort de zaak netjes op alfabetische volgorde heb, kom ik er na al na 2 keer opstarten van mijn Mac achter dat de boel weer door elkaar gehusseld is.

Overigens synchroniseer ik via mijn Apple ID de bladwijzers met die van mijn iPad, maar op de iPad blijft het een rommeltje en werkt deze optie dus niet.

Is hier een blijvende oplossing voor?

Ik heb al jaren een verzameling mapjes met bookmarks (max 20 mappen dus misschien minder dan jij). Die staan niet alfabetisch en dan hoeft van mij ook niet, dus ik gebruik geen sorteer-utility. Maar wat ik wel weet is dat die mapjes nog nooit door elkaar zijn gehusseld en op al mijn devices (2x OSX, 4x iOS) prima synchroon lopen en op elk device in dezelfde volgorde blijven staan. Het moet dus wel kunnen...

Misschien geeft deze link meer info over jouw probleem en wellicht een oplossing (de 10 stappen fix):

http://www.safarisort.com/icloud.php

(Bewerkt door boiing om 20:21, 29-06-2017)

Lijkt mij idd eerder een probleem van dat 'SafariSort'.
Heb je al eens geprobeerd het handmatig te doen?
Want ook bij mij: 440 bladwijzers over 22 mappen verspreid, gedeeld door een aantal apparaten (gesynct) al vele jaren nooit een probleem gehad.
Ik sorteer trouwens op tijd en relevantie.