Hoewel ik een goede backup heb van mijn laptop via TimeMachine wil ik tijdelijk een 2de backup, die bootable is. Ik moet nl. mijn XCode updaten en dat verplicht mij dus om naar Sierra te gaan. Omdat ik niet het risico wil lopen een dag of langer niet te kunnen werken door mijn Time machine terug te moeten zetten dus een 2de backup.

Op een externe schijf van 4Tb had ik 80 Gb vrij, heb daar wat grote bestanden weggegooid (backups van backups) zodat er nu 1,3 TB vrij is, met de bedoeling die schijf te partitioneren in een schijf van 3TB en een van 1TB. Diskutil laat mij echter maar tot maximum 40Gb gaan voor partitie 2. Ik vermoed dat dit komt door schijffragmentatie.
Nu is defragmenteren in principe niet nodig onder OS X, maar zou dit hier wel kunnen helpen ? Zo ja welke tool is aan te raden. (I defragmenteer al zeker 10 jaar niet meer...)

Als je een tweede schijf hebt, kun je die leegmaken en de data van de eerste schijf overzetten. Dan heb je meteen gedefragmenteerd.

Als je geen tweede schijf hebt, wellicht handig die aan te schaffen. Komt altijd wel eens van pas.
https://tweakers.net/pricewatch/354648/seagate-backup-plus-slim-1tb-zwart.html

Voor defragmenteren is iDefrag het meest gebruikt op de Mac. Deze heeft een "Compact"-modus, die alles "aanschuift" naar het begin van een partitie.

Overigens heb ik in het verleden iets dergelijks ook wel gedaan met het gratis en betrouwbare gparted (op een bootable live-cd). Gparted ondersteunt gewoon HFS(+) (ik weet alleen niet of die ook met Fusion-drives overweg kan, maar dat is voor jou niet van toepassing).

@Pieterr: schijven genoeg : 2 x 3Tb (ene is backup van de andere), 4Tb met data waar geen backup van nodig is (lees muziek en DVD's die in de kast staan en ik gedigitaliseerd heb voor mijn mediacenter), 256GB Externe SSD, 4Tb voor backups van het gezin (4 MacBooks), 4Tb voor extra backup van mijn beroepsdata (staat al op andere 4Tb maar better safe than sorry). Die 3de 4Tb wou ik tijdelijk gebruiken als reserve boot disk, en omdat dit eenmalig en slechts voor enkel dagen is ga ik zeker geen extra schijfje kopen. Maar snap je punt wel.

Nu het probleem heeft zichzelf opgelost: tijdens het partitioneren van die schijf zag ik opeens staan dat Diskutility bezig was met "Shrinking disk". Ik denk dat die zelf een soort defrag gedaan heeft om zo toch maximaal te kunnen partitioneren.

Met CCC mijn El Capitan er op gezet, Sierra op de laptop en nu verder testen. Tot op heden nog maar op 1 incompatibiliteit gestoten en dat was Karabiner, die ik kon vervangen door Karabiner-Elements.
Xcode, Vapor, Vagrant, Rails,... all work flawlessly, dat was mijn grootste zorg (zeker Rails waar ik nog een vrij oude versie van moet draaien).

Toch beiden bedankt