Inmiddels ben ik wat verder - na wat googelen begrijp ik dat het een bekend issue is:
http://appletoolbox.com/2016/04/mail-app-crashing-el-capitan/
Ik heb de instructies opgevolgd. Door opstarten met Shift gaat Mail inderdaad wel lopen, zonder dat berichten worden geselecteerd. Vervolgens het preview-venster wegschuiven zodat na klikken op Inkomend alleen de titels zichtbaar zijn. Ook dat gaat nog goed.
Ik zie vervolgens geen corrupte mails. Sterker nog, als ik op een willekeurig bericht klik om het te openen vliegt-ie er weer uit.
Vervolgens de andere optie geprobeerd: in de Finder de map com.Apple.mail uit ~Library/containers naar het bureaublad schuiven. Vervolgens zou ik dat ook met com.Apple.MailServiceAgent moeten doen, maar die kan ik helemaal niet vinden. Herstarten... wekt niet, toch weer crash.
Iemand ervaring en suggesties?