Allereest: kies één Mac om je iTunes bestanden te beheren. In jouw geval zou ik daarvoor de iMac kiezen.
Beide iPhones kun je syncen met die ene Mac.
Als jij en je vrouw verschillende muziek op de iPhones willen hebben, kun je voor iedere iPhone een eigen (al dan niet slimme) afspeellijst maken, die je instelt om te laten syncen. Dus niet alle muziek altijd laten syncen.
Voor apps kun je ook aangeven dat niet altijd alles gesynct moet worden, maar dat werkt net iets minder makkelijk. Ik heb het hier thuis zo ingesteld dat de iPhones wel altijd alle apps syncen, maar de vrouw des huizes gooit mijn apps op haar iPhone in een groepje meuk achterin. En vice versa.