Als het hier om IMAP mail gaat dan is je iPhone eigenlijk alleen maar een controle unit voor wat er op de mailserver gebeurt. Als die server deze e-mail niet weg wilt gooien dan zit het probleem waarschijnlijk daar.
Ik zou dan ook even op die server inloggen met een browser en kijken of je het mailtje daar wel kan verwijderen.
En over malware zou ik me al helemaal geen zorgen maken, klinkt gewoon als een hikje op die eerder genoemde server...