Base64 kun je inderdaad overal gebruiken waar je binaire data (zoals een plaatje, of een uitvoerbaar programma) in een tekstbestand wilt opnemen. Alle bijlagen die je bij een e-mail bericht stuurt worden bijvoorbeeld ook omgezet met Base64 en dan gewoon onder de tekst geplakt die je schrijft.
Je kunt het ook opnemen in stylesheets, maar ik zou het alleen gebruiken voor hele kleine plaatjes die je vaak nodig hebt. Het is onhandig bij het bijwerken van plaatjes (omdat je dan dus telkens met de hand weer je stylesheet moet aanpassen) en het maakt dingen minder overzichtelijk aangezien je niet goed kunt zien hoe het plaatje eruitziet tijdens het lezen van CSS code.
Het voordeel van minder requests maken aan de server hef je inderdaad weer op als je het in een aparte stylesheet gaat stoppen. Daarom werken de meeste sites gewoon met losse lettertypen en plaatjes. Organiseren doe je door een goede naamgeving en/of mapjes. Je kunt ze indelen op basis van onderdelen van je site of de functie van de plaatjes (achtergronden, knoppen, banners, etc.).
Een andere techniek is om meerdere plaatjes in één groot plaatje te plaatsen (sprites) en met behulp van CSS maar een gedeelte van de afbeelding laten zien. Zo kun je de gewone versie van de knop en de versie die je laat zien als de muis er op staat in één afbeelding stoppen, of zelfs je hele knoppenbalk. Dit artikel vertelt er meer over.