Ik weet niet precies wat je bedoelt met 'addon domain' in cpanel, dus maar iets meer uitleg.
Klassiek gesproken zou een URL altijd resolven naar een uniek IP-adres. Maar dat heeft bijna niemand meer tegenwoordig. De huis-, tuin- en keukensites staan meestal bij grote hostingbedrijven die aan Virtual Hosting doen en waar vele honderden URL's op één IP uitkomen.
Andersom bestaat overigens ook: knotsgrote zwaarbelaste vaakbezochte websites (Wikileaks) hebben één URL maar worden gehost achter meerdere IP-adressen bij wijze van load balancing - gewichtsverdeling dus.
Antwoord op jouw vraag: als 'addon domain' betekent dat je de URL toewijst aan jouw hostingpakket, of een subdirectory daarin, dan weet Google niet beter dan dat het twee verschillende websites zijn. En zal het als zodanig behandelen.