Voor een website waar ik aan gewerkt had had precies hetzelfde 'probleem'. Ze hadden een grote Flash movie op de homepage maar met gewone HTML moest er iets over de onderkant gepositioneerd worden.
Het is wel mogelijk met HTML en Flash (echter niet voor Firefox op Linux i.c.m. de Flash player eerder dan v10 geloof ik).
Via CSS kun je 'layers' (eigenlijk div-tags met een absolute positionering en een z-index) over het Flash filmpje heen leggen. Dit is pas de eerste helft van de oplossing. Zoals je ziet ligt het Flash filmpje nog steeds over de HTML heen.
De oplossing is een parameter aan het Flash object in je HTML, namelijk:
param wmode="transparent"
Of Google even op 'flash wmode transparent' voor juist syntax voorbeelden. Nu laat het Flash filmpje toe dat er iets overheen kan komen. Het slaat een beetje als een tang op een varken want wat de wmode doet is eigenlijk het filmpje transparant maken zodat je er doorheen kunt kijken als je HTML bv achtergrond plaatjes of kleurtjes gebruikt. Maar dezelfde wmode truuk heeft als voordeel dat je er dan ook HTML overheen kan positioneren.