Ik ben dergelijke problemen ook al enkele keren tegengekomen, zonder dat ik met iWeb werk. Het probleem zal inderdaad zijn dat onverlaten je ftp-inloggegevens hebben bemachtigd, en "toevoegingen" hebben gedaan op je site. Dat is waarschijnlijk niet direct zichtbaar, je zult echt in de code moeten duiken om uit te vinden waar de problemen zitten. En als je dat zelf niet kunt zul je snel hulp moeten zien te vinden.
Het eerste waar je eens naar zou moeten kijken (nadat je een nieuw, liefst lang en moeilijk te raden wachtwoord hebt ingesteld!), is of er .htaccess-bestanden zijn geplaatst of gewijzigd. De bestandsnaam begint zoals je ziet met een punt, daarom zijn die bestanden normaliter onzichtbaar. In het bekende FTP-programma Transmit bijvoorbeeld, zul je "Show Invisible Files" aangevinkt moeten hebben om ze te kunnen zien. Op zich zijn dergelijke .htaccess-bestanden niet per definitie verdacht, maar er kan mee gerommeld zijn. Je kunt ze eventueel vinden op het rootniveau van je site, en in elke subdirectory van je site.
Ook kunnen er her en er in de site kleine stukjes javascript zijn toegevoegd, in de html-bestanden of in de scripts. Vaak zijn die dan 'obfuscated', gecodeerd zodat ze niet direct herkenbaar/begrijpbaar zijn voor mensen. Op het internet kun je wel websites vinden die 'obfuscated' code kunnen vertalen naar gewoon javascript.
Bij zowel die htaccess-bestanden als besmette javascripts is er dan vaak sprake van verwijzingen naar andere sites met malware. Bezoekers van jouw site merken er dan niks van dat er code van een andere site gedraaid wordt.
Via Google kun je ook nadere instructies vinden om de zaak op te lossen, en de site weer goed bereikbaar te maken: http://www.google.com/support/webmasters/bin/answer.py?answer=163633