Gebeurde dit al in InDesign tijdens het opmaken of pas bij het maken van de PDF? In dat laatste geval kan het zijn dat Kleurbeheer aan staat. (onder Bewerken en Kleurinstellingen...)
Oplossing: uitzetten of zorgen dat de profielen die daar geselecteerd zijn identiek zijn aan de profielen die je gebruikt bij het exporteren naar PDF. Zit er een verschil in de beide profielen, dan zal de kleur omgerekend worden van de ene naar de andere kleurruimte. Dat kan zelfs betekenen dat zwarte tekst (dus 0% cyaan, magenta, geel en 100% zwart) in de PDF omgerekend wordt naar opbouw zwart (dus percentages zwart én cyaan én magenta én geel!).
Probeer ook eens te herleiden of de foto wel RGB blijft. Het zou nl kunnen dat deze door een of andere instelling CMYK is geworden, waardoor het rood ook minder helder wordt.
Wat betreft afvlakken: moet je voor een uitgever of drukker voldoen aan bepaalde PDF instellingen (certified PDF of PDF/X-1a) dan zul je mogelijk wel MOETEN afvlakken en dus naar PDF-versie 1.3 gaan. Maar inderdaad sommige drukkers kunnen ook 1.4 verwerken.