Geen idee, dat heb ik nog nooit gedaan. Ik heb geen iPod Touch en geen Apple TV, maar een collega van mij heeft deze beide wel, en die gebruikt Handbrake. Daarvan weet ik niet of deze ook ondertitels kan verwerken.
Sinds 2 maanden gebruik ik ffmpegX echter nauwelijks meer, want ik heb nu een tv die rechtstreeks avi files (met srt's) af kan spelen, zodat de noodzaak om iets naar DVD te converteren niet meer bestaat.
Overigens is Handbrake, voor zover ik weet, ook gratis.