Een DOS partie, dus FAT of FAT32, is dan de enige optie.
Maar inderdaad de beperkingen van FAT, de mogelijkheid dat Windows en Linux Bibliotheek bestanden van Mac OS X beschadigen, doet mij denken: waarom?
Dan blijft over dat Windows zijn instellingen niet op een andere plek laat zetten (e.g. meeste staat ook in het Register, maar ook een deel in C:\Documents and Settings\...\), wat je wel kan doen is de Mijn Documenten map (met daarin ook Mijn Afbeeldingen, Mijn Muziek, etc.) verplaatsen.
En kan je een DOS partie onder Linux wel een "/home" mountpoint meegeven? Anders gaat dat ook nog leuk worden...