Ja.
De bron van je data (muziek, film, foto's) die je in je iTunes library hebt staan moet ook echt door iTunes gevonden kunnen worden anders zie je een uitroepteken achter de naam komen die aangeeft dat het file niet gevonden kan worden.
Als je dan toch gaat syncen haalt iTunes die data van je gekoppelde iPhone/iPad af omdat iTunes er van uit gaat dat je die uit iTunes had verwijdert omdat je het niet meer wilde hebben.
Data wordt altijd maar één kant op gesynct; van iTunes naar je iDevice en niet andersom, (behalve dan bij mail account settings, URL's e.d., die kun je 'geforceerd' via iTunes de ander kant op laten syncen)
Daarom moet je foto's altijd via iPhoto van b.v. je iPhone afhalen, die synct ze namelijk wel van je iDevice naar je Mac. iTunes doet dat niet voor je